近年来，学校根据各学科人才培养、科学研究的发展要求，以学科建设和实验教学体系改革为先导，以实验室内涵建设为核心，对实验室组织结构进行了新一轮的整体优化、系统构建、重组整合。经过调整改革，一个由国家重点实验室、省部重点实验室、校级实验教学中心构成的相互配套、资源共享，实验室类别层次清晰，结构优化、活力增强的现代化实验室新体系已初见端倪。 
    学校由1名副校长主管全校实验室工作，设备资产管理处是全校实验室管理工作的行政职能部门，处理日常工作，行使学校对实验室协调，管理职能。学校设立由主管校长、有关部门行政负责人和学术、技术管理等方面专家组成的实验室建设与管理委员会，协助主管校长工作。 
    材料实验中心履行现代化管理理念，实行民主管理，集体决策。学校于2001年发布了《华南农业大学实验室规程实施办法》，明确了学校实验室的管理体制。材料实验中心实行主任总体负责，领导班子成员分工合作，重大决策教师参与、听证，党组织监督保障的领导模式。保证了材料实验中心的决策能够做到具有可持续发展性，抗风险性、前瞻性和全局性。使中心各种资源都能充分、合理、高效的利用。保证了提高教学质量的长效机制。